Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti dilakukan berdasarkan cita-cita pendiri STAI Al-Azhar Menganti sebagaimana termaktup dalam Statuta STAI Al-Azhar Menganti sebagaimana tercantum dalam SK. Ketua Yayasan Pondok Pesantren Darul Ihsan Menganti Nomor: 17/YPPDI/SK/I/2015, yang ditindaklanjuti dengan kebijakan dalam bentuk visi, misi, tujuan dan sasaran serta Rencana Strategi (Renstra) dan Rencana Operasional (Renop) oleh Ketua STAI Al-Azhar Menganti, yang telah disetujui oleh Pimpinan Yayasan Pondok Pesantren Darul Ihsan Menganti Gresik.
Program Studi PAI STAI Al-Azhar Menganti melibatkan seluruh sivitas akademika yang terdiri dari pimpinan STAI Al-Azhar Menganti, ketua prodi, sekretaris prodi, perwakilan dari biro, dosen, mahasiswa, alumni, tenaga kependidikan dan stakeholder (Sekolah sekitar Pengguna Lulusan, Dinas Pendidikan, Kemenag serta instansi pemerintah lainnya). Hal tersebut merupakan strategi agar Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti dalam perjalanannya sejalan dengan harapan masyarakat serta negara pada umumnya dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa melalui penyelenggaraan pendidikan
Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti dilakukan sesuai dengan kebutuhan dan perkembangan Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti yang dapat disesuaikan dengan periodesasi kepemimpinan Ketua STAI Al-Azhar Menganti. Hal tersebut merupakan revitalisasi dari visi, misi, tujuan dan sasaran Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti
Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti merupakan bagian yang integral dari STAI Al-Azhar Menganti
Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti mempunyai tanggung jawab untuk mengembangkan berbagai program sesuai dengan Tri Dharma Perguruan Tinggi yaitu pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat STAI Al-Azhar Menganti Gresik
penyelenggaraan Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti harus didasarkan dengan prinsip-prinsip tata kelola STAI Al-Azhar Menganti yang baik, yaitu transparan, akuntabilitas, partisipatif serta responsip terhadap perkembangan hukum dan kepentingan masyarakat selaku pengguna lulusan (stakeholder) maupun peserta didik dalam rangka pengembangan diri yang didasarkan pada nilai-nilai Islami
Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti secara terencana melakukan mekanisme perumusan visi, misi, tujuan dan sasaran Program Studi S1 PAI STAI Al-Azhar Menganti dengan melakukan keselarasan dengan visi, misi, tujuan dan sasaran STAI Al-Azhar Menganti guna memenuhi tuntutan pengguna lulusan.